Структура

Попечительский совет
Конференция трудового коллектива
Профсоюзный комитет сотрудников и преподавателей
Студенческая организация профсоюза
Ученый совет
Ректорат
Президент
Совет ректоров вузов Республики Карелия

Советы

Совет по качеству
Учебно-методический совет
Научно-технический совет
Совет по информатизации
Диссертационные советы
Совет по инновационно-производственной деятельности
Редакционно-издательский совет
Библиотечный совет
Совет по воспитательной работе

Управления

Учебно-методическое

Учебно-методический отдел
Сектор менеджмента и анализа качества
Диспетчерская
Отдел кадров студентов

Научных исследований

Отдел подготовки научных кадров (докторантура, аспирантура, интернатура, ординатура, студенческое научное общество)
Отдел научных проектов и программ
Отдел стандартизации и метрологии

Довузовской и профориентационной работы

Приемная комиссия
Отдел по работе с филиалами и районами РК
Подготовительный факультет
Открытый университет

По международному сотрудничеству

Отдел международных проектов и программ
Отдел обменных и образовательных программ
Информационный Центр Европейского Союза
Центр канадских исследований
Протокольный отдел
Северо-Европейский открытый университет ПетрГУ

Социального развития

Отдел социальной работы
Отдел по трудоустройству и связям с выпускниками
Региональный центр содействия трудоустройству и адаптации к рынку труда выпускников учреждений высшего профессионального образования
Здравпункт
Профилакторий

Экономики

Планово-финансовый отдел
Отдел маркетинга
Отдел материально-технического снабжения

Бухгалтерского учета и финансового контроля

Отдел расчетов с юридическими и физическими лицами
Отдел учета заработной платы и стипендии
Отдел бухгалтерского сопровождения проектов
Отдел учета материальных ценностей
Бухгалтерские службы обособленных структурных подразделений ПетрГУ

Административно-правовое

Канцелярия
Архив
Отдел охраны труда
Организационный отдел
Юридический отдел
Пресс-служба
Регистрационно-визовый отдел

Эксплуатации и ремонта

Отдел технического надзора
Ремонтно-эксплуатационный отдел
Служба главного энергетика
Служба главного механика
Ремонтно-строительный отдел

Хозяйственное

Учебные корпуса и общежития

Безопасности

Отдел антитеррористической защищенности и пожарной безопасности
Отдел внутренней охраны

Служба проректора по инновационно-производственной деятельности
Отдел кадров сотрудников и преподавателей
Отдел по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям
2-й отдел
Музей истории ПетрГУ

Факультеты и кафедры

Агротехнический

- Агрономии и почвоведения
- Зоотехнии, товароведения и экспертизы продовольственных товаров
- Механизации сельскохозяйственного производства

Горно-геологический

- Геологии и геофизики
- Горного дела

Исторический

- Всеобщей истории
- Истории дореволюционной России
- Отечественной истории (послереволюционный период)
- Истории стран Северной Европы
- Архивоведения и специальных исторических дисциплин

Лесоинженерный

- Тяговых машин
- Технологии и оборудования лесного комплекса
- Промышленного транспорта и геодезии
- Лесного хозяйства
- Технологии металлов и ремонта
- Целлюлозно-бумажных и деревообрабатывающих производств

Математический

- Теории вероятностей и анализа данных
- Информатики и математического обеспечения
- Математического анализа
- Прикладной математики и кибернетики
- Математического моделирования систем управления
- Геометрии и топологии

Медицинский

- Анатомии и гистологии
- Топографической и патологической анатомии
- Физиологии человека и животных
- Иностранных языков медико-биологических специальностей
- Пропедевтики внутренних болезней
- Фармакологии и ОЭФ
- Факультетской терапии
- Госпитальной хирургии
- Психиатрии
- Неврологии
- Акушерства и гинекологии
- Общей и факультетской хирургии
- Госпитальной терапии
- Педиатрии
- Критической и респираторной медицины
- Детской хирургии
- Лучевой диагностики и лучевой терапии
- Семейной медицины (общей врачебной практики)

Политических и социальных наук

- Политологии
- Социологии
- Социальной работы
- Международных отношений
- Кафедра иностранных языков факультета политических и социальных наук

Прибалтийско-финской филологии и культуры

- Финского языка и литературы
- Карельского и вепсского языков

Строительный

- Архитектуры, строительных конструкций и геотехники
- Организации строительного производства
- Начертательной геометрии и инженерной графики
- Механики
- Водоснабжения, гидравлики и водоотведения
- Систем автоматизированного проектирования

Физико-технический

- Общей физики
- Физики твердого тела
- Информационно-измерительных систем и физической электроники
- Электроники и электроэнергетики
- Энергообеспечения предприятий и энергосбережения

Филологический

- Русского языка
- Русской литературы и журналистики
- Германской филологии
- Классической филологии
- Кафедра скандинавских языков

Эколого-биологический

- Общей химии
- Ботаники и физиологии растений
- Зоологии и экологии
- Молекулярной биологии, биологической и органической химии

Экономический

- Бухгалтерского учета, анализа хозяйственной деятельности и аудита
- Теоретической экономики и государственного и муниципального управления
- Экономической теории и финансов
- Менеджмента
- Экономики и управления производством

Юридический

- Теории, истории государства и права
- Международного и конституционного права
- Гражданско-правовых дисциплин
- Уголовно-правовых дисциплин
- Иностранных языков гуманитарных факультетов

Общеуниверситетские кафедры

- Иностранных языков технических факультетов
- Культурологии
- Курс "Безопасность жизнедеятельности"
- Педагогики и психологии
- Физического воспитания и спорта
- Философии
- Туризма

Факультет повышения квалификации

- Факультет повышения квалификации (ФПК)
- Факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки работников образования (ФПКиППРО)
- Внебюджетное отделение ФПК
- Образовательно-инновационный Центр

Межфакультетская группа студентов под руководством Главы РК С.Л.Катанандова и ректора ПетрГУ, проф. А.В.Воронина

Научная библиотека

Газета "Петрозаводский университет"

Электронная версия газеты

Издательство ПетрГУ

Редакция научного журнала "Ученые записки ПетрГУ"

Учебно-научные подразделения факультетов

- Ботанический сад
- Лаборатория по проблемам Скандинавских стран и Финляндии
- Исследовательская лаборатория Локальной и Микроистории Карелии (ИЛЛМИК)
- Лаборатория экологических проблем Севера
- Лаборатория теоретической и прикладной экономики
- Учебно-методический центр экономического факультета по профессиональной аттестации бухгалтеров
- Учебно-методический комплекс САПР факультета ПГС
- Юридическая клиника юридического факультета
- Эколого-правовой центр юридического факультета
- Испытательная лаборатория строительных горных пород 

Учебно-производственные базы

- Биостанция эколого-биологического факультета в п. Кончезеро
- Учебно-научно-производтвенная Шелтозерская база
- Учебная база агротехнического факультета в п. Шуя

Институты и центры

- Карельский региональный институт управления, экономики и права ПетрГУ
- Региональный Центр новых информационных технологий
- Региональный центр международного сотрудничества на Европейском Севере России
        - Отдел обменных и образовательных программ
        - Центр Европейской документации
- Северо-Европейский открытый университет ПетрГУ
        - Центр тестирования по русскому языку
        - Центр переводов
        - Школа иностранных языков
        - Летний университет
        - Международные научно-образовательные центры факультетов
- Северный НИИ рыбного хозяйства
- Карельский научно-исследовательский институт лесопромышленного комплекса ПетрГУ (КарНИИЛПК)
- Центр ПетрГУ-Метсо Систем Автоматизации
- Центр энергосбережения и энергоэффективности ПетрГУ (ЦЭиЭ)
- Межфакультетский Эколого-Правовой Центр ПетрГУ
- Институт историко-теоретических проблем народного зодчества
- Центр бюджетного мониторинга
- Центр коллективного пользования научным оборудованием ПетрГУ
- Региональный Координационный Центр Программы "Шаг в будущее"
- Региональный Центр Минобразования по охране труда и ТБ
- Центр развития сельского образования на Европейском Севере

Филиалы, учебные центры и колледжи

- Кольский филиал ПетрГУ, г. Апатиты
- Приладожский филиал ПетрГУ, г. Сортавала
- Беломорский филиал ПетрГУ, г. Беломорск
- Костомукшский филиал ПетрГУ, г. Костомукша
- Университетский лицей, г. Петрозаводск
- Открытый университетский лицей, г. Олонец

Творческие коллективы

- Академический хор
- Хор преподавателей и сотрудников ПетрГУ
- Творческая лаборатория
- Театральная студия
- Ансамбль народной музыки "Тойве"
- Студенческий турклуб "Сампо"

Административно-хозяйственные службы

- Гараж
- Столовые
- Отдел капитального строительства