2000 – 2010-е годы

2000 год

На базе лесоинженерного факультете открыт международный научно-образовательный центр по проблемам леса.
На юридическом факультете создана кафедра международных отношений.
На юридическом факультете открыт центр политологических и социологических исследований.
Подписана Декларация о создании Северо-Европейского открытого университета (СЕОУ).
На физико-техническом факультете лицензирована новая специальность "Энергообеспечение предприятий".
Распоряжением ректора определен статус академического знака ПетрГУ, который вручается выпускникам по окончании вуза.
На факультетах начали работать комиссии по трудоустройству и студенческий центр занятости, которые получили в 2000—2002 гг. заявки работодателей на 1614 мест и трудоустроили 870 студентов.
РЦНИТ создает учебные ресурсы для всех уровней образования Карелии (в Интернет, на CD).
По программе Европейского Союза ТАСИС ПетрГУ были выполнены проекты "Национальный парк Ведлозерский", "Управление лесными ресурсами Северо-Запада" и "Тайга – модельный лес".
В Беломорском филиале начато обучение по специальности "Бухгалтерский учет, анализ и аудит".

2001 год

Открылась университетская видеостудия, в которой было установлено оборудование для проведения видеоконференций.
Совместно с консорциумом вузов России РЦНИТ создает информационные интегрированные аналитические системы (ИИАС) управления для внедрения в вузах Министерства образования РФ.
На экономическом факультете создана кафедра экономической теории и финансов.
На лесоинженерном факультете открыта специальность "Автомобильные дороги и аэродромы", специализация "Автомобильные дороги".

2002 год

В Беломорском филиале состоялся первый выпуск студентов (20 человек).
На медицинском факультете открыта новая кафедра семейной медицины (общей врачебной практики).
По решению правительства РК КарНИИЛПК ПетрГУ стал научным правопреемником КарНИИЛПа, созданного в 1949 году.
На базе СЕОУ и кафедры Прикладной математики и кибернетики математического факультета ПетрГУ создан Центр ПетрГУ-Метсо Систем Автоматизации.
Университет удостоен Гран-при IV Всероссийской выставки-ярмарки "Современная образовательная среда".
Решением общего собрания членов Международной Академии Открытого Образования (МАОО) ПетрГУ избран ее коллективным членом.

2003 год

Университет стал лидером среди вузов России в области информационных технологий (победитель конкурса на лучший сайт среди университетов).
Во Всероссийском конкурсе Министерства высшего профессионального образования РФ "Внутренние системы обеспечения качества подготовки специалистов" ПетрГУ занял третье место среди университетов России, успешно подтвердив статус многопрофильного классического университета в ходе государственной аттестации и аккредитации.
Открыт новый учебно-лабораторный корпус на ул. Университетской.
На медицинском факультете открыта новая специальность "Фармация".
На историческом факультете создана новая кафедра "История стран Северной Европы".
Подписано соглашение о сотрудничестве между ПетрГУ и Университетом Миннесоты (Дулут, США).
В ПетрГУ началось возрождение движения студенческих строительных отрядов (на базе строительного факультета создан стройотряд "Онего").
ПетрГУ награжден золотой медалью Международной ассоциации поддержки национальной промышленности за осуществление в 2001–2002 годах совместно с рядом партнеров более тридцати крупных международных проектов.

2004 год

ПетрГУ награжден золотой медалью "Европейское качество" в номинации "Сто лучших вузов России".
Университет выступил одним из организаторов межрегионального Центра развития сельского образования (ЦРСО) на Европейском Севере.
В ПетрГУ открылось представительство департамента информатики университета г. Оулу (Финляндия).
Подписан Договор о создании филиала кафедры истории дореволюционной России ПетрГУ "Историческое краеведение и музееведение Русского Севера" в ФГУК "Государственный историко-архитектурный музей-заповедник "Кижи".
На базе КарНИИЛПК создан Региональный информационно-аналитический центр.
В РЦНИТ завершилась работа по созданию электронной библиотеки РК (2002–2004).

2005 год

В Костомукшском филиале открыты новые специальности по профилю среднего профессионального образования "Техническое обслуживание энергетического оборудования" и "Техник-механик".
Между ПетрГУ и Университетом Уорвик (Великобритания) подписан договор о сотрудничестве.

2006 год

В феврале ректором университета был избран профессор Анатолий Викторович Воронин, окончивший физико-математический факультет ПетрГУ, целевую аспирантуру Ленинградского (ныне С.-Петербургского) университета, являвшийся заведующим кафедрой прикладной математики и кибернетики и первым проректором. Профессор Виктор Николаевич Васильев стал президентом ПетрГУ.
В университете состоялась встреча с Нобелевским лауреатом, вице-президентом РАН Ж.И. Алферовым.
Открылись новые специализации: на историческом факультете "Историко-культурный туризм", на факультете прибалтийско-финской филологии и культуры "Переводоведение и практика перевода". На юридическом факультете открыт бакалавриат по специальности "Юриспруденция", на факультете политических и социальных наук открыт бакалавриат по специальности "Международные отношения". На математическом факультете открыт бакалавриат по специальности "Бизнес-информатика".
В КРИУЭП открыты новые специальности: "Маркетинг" и "Управление персоналом".
На базе РЦНИТ завершилась разработка геоинформационных систем "Народное зодчество", "Деревянное культовое зодчество Русского Севера", "Топонимия Карелии" и др. (2002–2006).
На базе КарНИИЛПК ПетрГУ создан Карельский центр лесной сертификации.
Подписаны договоры о сотрудничестве с ОАО "Сегежский ЦБК" и ОАО "Карельский окатыш".
В Костомукшском филиале открыты новые специальности по профилю среднего образования "Обогащение полезных ископаемых" "Автоматизированные системы обработки информации и управления", по профилю высшего образования "Историко-архивоведение".
Лицензирован бакалавриат по направлениям "Биология" и "Экология и природопользование" на эколого-биологическом факультете.
Лицензирован бакалавриат по направлению "Технологические машины и оборудование" на лесоинженерном факультете.
Лицензирован бакалавриат по направлению "Электроника и микроэлектроника" на физико-техническом факультете.

2007 год

При кафедре классической филологии открылся кабинет новогреческого языка. В Костомукшском филиале открыта новая специальность по профилю среднего образования "Менеджмент организации", по профилю высшего образования "Информатика и вычислительная техника".
Осуществлен ремонт 10 учебных корпусов и 8 общежитий ПетрГУ.
РЦНИТ провел активную работу по созданию и развитию портала органов государственной власти РК (2004–2007).
Университет начал участвовать в стипендиальной программе Оксфордского Российского Фонда (Великобритания).
ПетрГУ вошел в число членов НАИРИТ (Национальной ассоциации инноваций и развития информационных технологий) – ассоциации, объединяющей разработчиков инновационных технологий.
ПетрГУ заключил договор о стратегическом партнерстве с целлюлозным заводом "Питкяранта".

2008 год

ПетрГУ посетила делегация во главе с президентом Ф Д.А. Медведевым.
В компьютерном классе Учебного центра РЦНИТ ПетрГУ установлен первый в университете интерактивный комплекс – доска activeboard в комплекте с проектором, позволяющий работать в сенсорном режиме на большом экране.
Успешно прошла последняя аттестация и аккредитация университета.
В клинической ординатуре открылась специальность "Организация здравоохранения и общественное здоровье".
В аспирантуре ПетрГУ открылись две новые специальности: "Технологии и средства механизации сельского хозяйства", "Конституционное право; муниципальное право".
Университет успешно прошел лицензирование по двум новым специальностям: "Электропривод и автоматика промышленных установок и технологических комплексов", "Садово-парковое и ландшафтное строительство".
В Научной библиотеке ПетрГУ открылся сектор литературы на иностранных языках, на ФТФ – отдел физико-технической литературы.

2009 год

На факультете повышения квалификации курс "современные образовательные технологии" стали вести преподаватели кафедры педагогики и психологии с использованием новых педагогических технологий. Прошел конкурс учебно-методических разработок, внедренных в учебный процесс на основе использования инновационных технологий, который показал широкое применение новых методов и форм работы на всех факультетах.
В 2009-2011 гг. ПетрГУ – Сопредседатель объединенной рабочей группы по образованию и науке БЕАР и членом двух трансграничных университетов: Финляндско-Российского (FRCBU) и Баренц трансграничного (BCBU). В ходе реализации данных проектов вузы партнеры реализуют совместные магистерские программы на английском языке по восьми направлениям.
После длительного перерыва вновь открылся горно-геологический факультет.
На медицинском факультете состоялся первый выпуск клинических интернов – провизоров.
На экономическом факультете открылся бакалавриат по направлению "Экономика".
ПетрГУ занял первое место по критерию "интернационализация" в рейтинге классических университетов.
Состоялось открытие первой очереди IT-парка – научного и проектно-производственного центра. ПетрГУ вошел в число победителей открытого конкурса по отбору программ развития инновационной инфраструктуры.
На математическом факультете лицензирована и открыта магистратура по направлению "Бизнес-информатика".
На эколого-биологическом факультете лицензирована и открыта магистратура по направлениям "Биология" и "Экология и природопользование".
На физико-техническом факультете лицензирована и открыта магистратура по направлению "Электроника и микроэлектроника".

2010 год

Решением Президиума ВАК Министерства образования и науки РФ журнал "Ученые записки Петрозаводского государственного университета" включен в "Перечень ведущих рецензируемых журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук".
Университет получил лицензию на право ведения образовательной деятельности по шести новым специальностям: "Физические процессы горного и нефтегазового производства", "Подземная разработка месторождений полезных ископаемых", "Обогащение полезных ископаемых", "Высоковольтная электроэнергетика и электроника", "Теплофизика", "Радиофизика и электроника". Получена лицензия на дополнительное образование по десяти программам профессиональной переподготовки и повышения квалификации.
Открылась вторая очередь IT-парка ПетрГУ.
ПетрГУ вошел в число победителей открытого конкурса по отбору программ развития и инновационной инфраструктуры.
В настоящее время в ПетрГУ 17 факультетов и 83 кафедры.
На факультете политических и социальных наук лицензирована и открыта магистратура по направлению "Международные отношения".
На юридическом факультете лицензирована и открыта магистратура по направлению "Юриспруденция".
На экономическом факультете лицензирована и открыта магистратура по направлению "Экономика".
На лесоинженерном факультете лицензирована и открыта магистратура по направлению "Технологические машины и оборудование".